1.當事人加班（申請加班費）申請須經核准並完成加班。
2.請至myNTU→「到勤差假系統」→「查詢及列印作業」→「列印加班費申請明細表」→選擇年月後按查詢→勾選擬申請之該筆加班費，點選「列印明細表」及下載「正式職員加班費請領清冊」或「適用勞基法員加班費請領清冊」（依身分別選取），作為加班費申請之附件。
3. 免列入所得：每月免稅加班時數為46小時，計算標準含平日、休息日加班時數及休假日、例假日與特別假日加班每日超過8小時部份時數；休假日、例假日與特別假日加班每日未超過8小時部份時數，且支領加班費符合勞基法第39、40條規定，不計入每月平日延長工作時間總時數且免納所得稅。
4. 列入所得：每月加班時數超過免稅加班時數46小時部份。
5.加班費之申請請至帳務系統報帳，登入網頁後，免列入所得之加班費請至「所得報帳」項下/以「大批名冊」報帳/屬性請選:「一個月內46小時加班」；需列入所得之加班費請至「所得報帳」項下/以「各類所得」報帳。
6.俟出納組審核通過後，列印所得表及支出憑證粘存單，並將「加班費申請明細表」及「正式職員加班費請領清冊」或「適用勞基法員加班費請領清冊」（依身分別選取）黏貼於支出憑證粘存單上送主管核章。
7.經人事室二組核章後，再送審核組依帳務流程辦理。
附註:依據財政部74年5月29日台財稅第16713號函規定，公私營事業員工，依勞動基準法第24條規定「延長工作時間之工資」及第32條規定「每月平日延長工作總時數」限度內支領之加班費，可免納所得稅；另員工為雇主之目的，於國定假日、例假日、特別休假日執行職務而支領之加班費，其金額符合前述規定標準範圍以內者，免納所得稅，其加班時數，不計入「每月平日延長工作總時數」之內。依所得稅法第14條第1項第3類規定，為雇主之目的，執行職務而支領之加班費不超過規定標準者，免列為薪資。勞工平日加班支領之加班費，如每月加班總時數不超過46小時，且其金額符合前述勞動基準法規定標準者，可免納所得稅。另勞工於國定假日、例假日、特別休假日、颱風及其他天然災害之放假日加班支領之加班費，其金額符合前述勞動基準法規定標準者，則其加班時數不計入前述每月加班總時數46小時，亦免納所得稅。
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